Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Pamekasan, selanjutnya disebut STAIN, awalnya adalah Fakultas Tarbiyah Pamekasan cabang IAIN Sunan Ampel Surabaya. Fakultas Tarbiyah Pamekasan didirikan pada 20 Juli 1966 Masehi atau 2 Rabiul Akhir 1386 Hijriyah berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama RI Nomor 39 Tahun 1966 yang peresmiannya dilakukan oleh Menteri Agama RI, KH. Saifuddin Zuhri. Awalnya, Fakultas Tarbiyah Pamekasan menyelenggarakan program pendidikan Sarjana Muda (Bachelor of Arts/BA), dan pada awal 1987 dikembangkan ke jenjang Sarjana Strata Satu (S1) karena program BA tersebut berakhir

Pada tahun 1997 Presiden RI menerbitkan Keputusan Presiden/KEPPRES Nomor 11 Tahun1997 tentang Pendirian Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri di seluruh Indonesia. KEPPRES itu kemudian ditindaklanjuti dengan Keputusan Direktur Jenderal Pembinaan Kelembagaan Agama Islam Nomor: E/136/1997 tentang Alih Status dari Fakultas Daerah menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri pada 30 Juni 1997. Sejak saat itu, Fakultas Tarbiyah Pamekasan berubah status menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Pamekasan. Peresmian alih status ini dilakukan di Jakarta pada 21 Maret 1997 Masehi atau 12 Dzulqaidah 1417 Hijriyah.

Baik ketika menjadi fakultas cabang maupun STAIN, intitusi pendidikan ini tidak lepas eksisitensinya dari Program studi (Prodi) Pendidikan Agama Islam (PAI). Ini berarti Prodi PAI telah banyak melahirkan tenaga expert yang dibutuhkan masyarakat baik formal, non formal maupun informal. Dengan perkataan lain, jika meminjam bahasa amanah UUD 1945, Prodi PAI telah lama ikut andil dalam mencerdaskan kehidupan berbangsa dan bernegara karena ia eksis bersamaan dengan eksisnya IAIN/STAIN. Oleh karena itu, tantangan Prodi PAI di masa depan adalah bagaimana ia tetap eksis diminati oleh masyarakat di satu sisi, dan pada sisi lain ia selalu berupaya meningkatkan kualitas dirinya sesuai dengan 8 standar Nasional Perguruan Tinggi, agar ia setara dengan perguruan tinggi lain dan mampu tegak kokoh sebagai the real university.

Untuk itu Prodi PAI melakukan langkah-langkah progressif, mulai dari rekonstruksi kurikulum berbasis Kerangka Kualifiksi Nasional Indonesia (KKNI), pengingkatan kualitas SDM, peningkatan kualitas proses pembelajaran, pemenuhan sumber belajar yang memadai, religious environment, human relationship dengan stakeholder dan pembangunan infrastruktur (sarana dan prasarana). Semoga Allah SWT meridloi langkah kita, Amin.

1. Guru mata pelajaran Pendidikan Agama Islam pada Madrasah dan/atau Sekolah yang berkepribadian Islami, berpengetahuan luas, mendalam, dan mutakhir dibidangnya serta bertanggung jawab terhadap pelaksanaan tugas berlandaskan etika keilmuan dan profesi.
2. Profil Tambahan Lulusan :
   1. Pengelola madrasah dan/sekolah
   2. Peneliti Pendidikan Agama Islam (PAI)
   3. Penyuluh Pendidikan Agama Islam PAI di Masyarakat
   4. Penggiat dan Penghafal Al-Quran.